Năm 318, Tư Mã Duệ chính thức xưng đế ở miền nam, tức là Tấn Nguyên Đế (318 - 323)[12]. Nguyên Đế mời Vương Đạo cùng ngồi với mình. Ông lấy lẽ vua tôi mà từ chối. Cùng năm đó, Nguyên Đế thăng Vương Đạo làm Phiêu kị đại tướng quân, Nghi đồng tam ti, tước Vũ Cương hầu[13].

Sang năm 319, Vương Đạo được thăng làm Thị trung, Tư không, Giả tiết, Lục thương thư, Trung thư giám. Sau đó, thái thú Thái Sơn Từ Kham chống lại triều đình, Tấn Nguyên Đế theo lời tiến cử của Vương Đạo, sai Thái tử Tả vệ suất Dương Giám ra đánh dẹp, nhưng bị đánh bại. Vương Đạo dâng biểu tạ tội xin tự giáng chức, Nguyên Đế không đồng ý. Cùng năm đó, thái tử thái phó Hạ Tuần mất, Vương Đạo được phong lên thay chức đó.

Vương Đạo lại thiết lập cơ cấu chính quyền. Hữu ti có lần tấu lên rằng Hiếu Hoài thái tử bị quân Hán Triếu giết hại, đề nghị Tấn Nguyên Đế để tang và quần thần khóc tang. Vương Đạo chấp nhận ý này.

Năm 322, do mẫu thuẫn với triều đình, Vương Đôn chính thức khởi binh làm loạn ở Vũ Xương, được Long Tương tướng quân Thẩm Sung hưởng ứng. Tấn Nguyên Đế tức giận, bèn cho triệu Đới Uyên và Lưu Ngôi về Kiến Khang bàn kế đối phó. Khi Lưu Ngôi đến nơi, được trăm quan đón ở đất Đạo. Khi Lưu Ngôi vào triều, lại cùng Điêu Hiệp khuyên Tấn Nguyên Đế diệt tộc Vương thị, trong đó có Vương Đạo[14].

Vương Đạo nghe tin Vương Đôn khởi binh, bèn dẫn con em là Trung lĩnh quân Vương Thúy, Tả vệ tướng quân, Thị trung Vương Khản, Vương Bân... tổng cộng 12 người vào cung thỉnh tội, thì gặp Chu Nghĩ. Ông nói với Ngôi rằng

Chu Nghĩ nghe nói động lòng, bèn thượng biểu lên Nguyên Đế rằng Vương Đạo vô tội. Tuy nhiên Vương Đạo không biết việc này, mà trong lúc yến tiệc ở phủ Chu nghĩ, nghe Ngôi nói về việc diệt giặc, tưởng rằng muốn ám chỉ mình, nên ông oán hận Nghĩ.

Cuối cùng Tấn Nguyên Đế không truy cứu Vương Đạo, lại phong cho ông làm Tiền phong Đại đô đốc, cùng Đới Uyên làm Phiêu kị tướng quân để cùng chống Vương Đôn vào tháng 3 năm 322.[16], tuy nhiên không thể chống lại được. Vương Đạo cùng Điêu Hiệp, Lưu Ngôi, Đới Uyên, Chu Nghĩ, Quách Dật và Ngu Đàm bị Vương Đôn đánh bại. Vương Đôn sau đó nhanh chóng kéo binh về Kiến Khang, nắm giữ triều đình, tự xưng làm Thừa tướng, lại phong cho Vương Đạo làm Thượng thư lệnh. Vương Đôn lại có ý lật đổ Nguyên Đế để lên ngôi nhưng Vương Đạo từ chối, lấy lý lẽ ra đối đáp làm Vương Đôn không nói gì được nữa.

Vương Đôn vào kinh, hỏi Vương Đạo rằng có nên cho Chu Nghĩ làm Phủ ứng tam ti hay Thượng thư lệnh, Bộc xạ nhưng Vương Đạo đều không trả lời. Đôn lại hỏi có nên giết Chu Nghĩ không, Đạo cũng không nói, Đôn bèn giết Chu Nghĩ. Sau đó Vương Đạo mới biết việc Chu Nghĩ giúp mình thoát chết, bèn khóc to mà nói rằng: Tuy ta không giết Bá Nhân, nhưng Bá Nhân lại vì ta mà chết[17].

Sau khi Vương Đôn rời Kiến Khang, Vương Đạo tiếp tục ở lại triều đình. Ông tiếp tục dâng biểu lên Nguyên Đế, cho rằng từ đời Hán, Ngụy, việc ban thụy hiệu đều là do có tước vị, nhiều người tài đức nhưng không được ban tước thì không có thụy, nên xin Nguyên Đế truy tặng thụy hiệu cho các công khanh khi họ mất không nhất thiết phải có tước vị, từ đó về sau việc này được tiến hành rộng rãi.